Vanuit Spanje regeerde Filips II op een autoritaire wijze. Hij beschouwde zichzelf als de leider van de contrareformatie, wat slecht viel in de tolerante Nederlanden. De Raad van State onder leiding van Willem van Oranje als stadhouder van de Spaanse koning voor Holland, Zeeland en Utrecht vroeg om verzachting van de plakkaten. Voor Filips II was dit onmogelijk; in zijn optiek mocht hij zijn onderdanen het 'ware geloof' niet onthouden en hadden de hoge adel en stadsbesturen het tot een gezagscrisis laten komen. Andersom hadden de edelen het idee het land te hebben gered van een burgeroorlog. De weigering van het verzoek tot verzachting vervreemdde de gematigde oppositie van Filips. In het 'Wonderjaar' 1566 vond de Beeldenstorm plaats, waarop Filips reageerde met het sturen van de hertog van Alva. De grote afstand tussen Spanje en de Nederlanden bleek een probleem: toen Alva arriveerde, was de rust alweer maanden teruggekeerd. De harde lijn van Alva en zijn Raad van Beroerten wakkerde de onrust vooral aan. Velen ontvluchtten de Nederlanden en zwierven rond als geuzen, het Spaanse gezag ondermijnend door zeeroverij en guerrilla.

De eerste opstand in 1567–1568 kon Alva nog de kop indrukken. In de jaren daarna probeerde Alva met harde hand de tiende penning in te voeren, wat opnieuw veel weerstand opriep. In 1568 en 1571 waren in Wesel en Emden, in het buitenland dus, de oprichtingsvergaderingen van de Nederduits Gereformeerde Kerk. Oranje probeerde in de strijd tegen Europa's sterkste monarchie steun te verkrijgen in Duitsland, Engeland en vooral bij de Franse hugenoten. Nog voordat dit succes had, werden de watergeuzen gedwongen te vertrekken uit Engeland. Op 1 april 1572 slaagden zij erin Den Briel in te nemen. Uiteindelijk sloten zesentwintig stadsbesturen zich bij de volksopstand aan en begon een tweede opstand. Belangrijke steden in het opstandige gebied als Amsterdam, Middelburg en Goes bleven echter loyaal aan de koning.

Hoewel alleen de koning of de stadhouder een statenvergadering mochten uitroepen, nam Dordrecht dat jaar het revolutionaire initiatief tot de eerste vrije vergadering van de Staten van Holland. Hierbij werd Oranje bevestigd als stadhouder, waarbij men deed voorkomen alsof dit geen strijd was tegen de koning, maar tegen de slechte, door hem gestuurde vertegenwoordigers. Hier werd ook besloten alle commissiebrieven in te trekken, om zich zo te ontdoen van de ongedisciplineerde elementen die de opstand schade berokkenden. Op grote schaal werden namelijk katholieke burgers en geestelijken vermoord en kloosters geplunderd. Oranje ontsloeg Lumey vanwege de moord op de martelaren van Gorcum.

Alva begon in 1572 een tegenoffensief, dat enig succes had. Een jaar later werd hij opgevolgd door Requesens. Drie jaar na het Leids Ontzet van 1574 slaagden de koningsgezinden er echter nooit meer in Holland binnen te vallen. De koning ging bovendien bankroet aan de hoge kosten van de huurlingen. De muiterijen van de onbetaalde koninklijke troepen had in 1576 de Spaanse Furie tot gevolg. Na deze zoveelste plundering werden op initiatief van de Staten van Brabant de Staten-Generaal bijeengeroepen. Deze gaven de voorkeur aan een middenweg waarbij men wel trouw bleef aan de koning, maar verlost zou worden van de nieuwe landvoogd Don Juan.
Al bij het beleg van Leiden was er gebleken dat er onenigheid was over het doel van de opstand. Predikant Adriaen Taling maakte in 1574 bezwaar tegen de spreuk op de noodmunt: haec libertatis ergo (dit is om de vrijheid). Hij vroeg zich af waarom daar geen haec religionis ergo (dit is om de religie) op stond. De middenpartij wilde echter de onderdrukking van de calvinisten door de katholieken niet vervangen door de onderdrukking van de katholieken door de calvinisten. Met de opstandige gewesten Holland en Zeeland werd de Pacificatie van Gent afgesloten die stelde dat alle Spaanse troepen het land moesten verlaten. Hierna zag het er even naar uit dat de Nederlanden één lijn zouden trekken. Er was eerder sprake van een scheiding tussen west en oost – aangezien in de oostelijke provincies minder protestanten leefden en er dus minder sprake was van onderdrukking, waardoor zij positiever tegenover de koning stonden – dan het uiteindelijke uiteengaan van noord en zuid zou doen vermoeden.

De positie van de middenpartij bleek echter niet houdbaar. Een religievrede was voor de koning net zo ondenkbaar, als het opgeven van het geloof dat was voor de calvinisten. De eerste breuk kwam in 1579 met de Unie van Atrecht, gesloten door de zich weer naar de koning schikkende Waalse gewesten na de belofte dat de privileges hersteld zouden worden en de vreemde troepen zich terug zouden trekken. Deze overwegend katholieke gewesten zagen niets in de calvinistische radicalisering en konden zich daarnaast door hun ligging vrijwel zeker niet verdedigen tegen de hertog van Parma. Als reactie hierop beloofden Gelre en Zutphen, Holland, Zeeland, Utrecht en de Groningse Ommelanden elkaar steun in de Unie van Utrecht, waar zich later andere gewesten en steden bij aansloten.
De definitieve scheiding kwam twee jaar later. In een poging om Franse steun te verkrijgen, hadden de Staten-Generaal de soevereiniteit aangeboden aan de hertog van Anjou, de broer van de Franse koning. Om dit mogelijk te maken, verlieten de opstandige gewesten in 1581 de Spaanse koning met het Plakkaat van Verlatinghe. Anjou bleef ondergeschikt aan Oranje en besloot daarom in 1583 om Antwerpen in te nemen. Tijdens deze Franse Furie werd het Franse leger door de bevolking van Antwerpen afgeslacht, wat het einde betekende van de Franse steun. De hertog van Parma wist de zuidelijke Nederlanden te heroveren voor de Spaanse kroon. Na de moord op Oranje in 1584 zochten de Staten-Generaal steun bij Elizabeth I van Engeland. De Engelse steun kwam echter te laat om de val van Antwerpen in 1585 te voorkomen. Hoewel de opstand in het zuiden was begonnen, kwam daarmee een einde aan de opstand aldaar. De val van Antwerpen bezegelde daarmee in militaire zin de scheiding van de noordelijke en zuidelijke Nederlanden.
Hoewel Elizabeth weigerde om de soevereiniteit over de opstandige gewesten te aanvaarden, zegde zij wel steun toe en stuurde de graaf van Leicester met troepen. Zijn beleid bleek geen succes en ook hij werd gedwongen het land te verlaten. Men staakte daarop de zoektocht naar een geschikte landsheer en zo bleken de opstandige gewesten na 1588 een republiek. De macht in de Verenigde Provinciën lag daarna de facto bij de Staten-Generaal. Hoewel Italië al de nodige stadsrepublieken kende, was deze staatsvorm voor een gebied van deze omvang een novum. Zelfs nog na de Franse revolutie werden landen over het algemeen beschouwd als eigendom van de vorst en konden als zodanig vererfd, samengevoegd en verdeeld worden